Buenos dias.
Puedo preparar un script con PowerShell, el cual es parte estándard de windows y utilizar las funciones de comprimir a zip y conectarse a ftp para lograrlo.
De manera alterna, puedo preparar una aplicación en .NET de consola (sin interfaz gráfica) que incluya la librería para comprimir el par de carpetas, y conectarse al ftp.
Sergio.